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Un groupe d’infections à Pneumocystis chez les receveurs de greffe rénale: preuves moléculaires de patients colonisés comme sources infectieuses potentielles de Pneumocystis jirovecii

Contexte Dix-huit transplantés rénaux ont développé des infections à Pneumocystis jirovecii à l’unité de transplantation rénale du CHU de Brest, en Bretagne, de mai 2008 à avril 2010, alors qu’aucun cas d’infection à P. jirovecii n’a été diagnostiqué dans cette unité depuis 2002. en identifiant les types de P jirovecii et en analysant les rencontres avec les patients Méthodes L’identification des types ITS d’espaceurs transcrits internes de P jirovecii a été réalisée sur les isolats de P jirovecii des 18 RTR 12 patients atteints de Pneumocystis pneumonia [PCP], 6 patients colonisés, 22 patients témoins non liés , 4 patients colonisés et 69 patients 34 patients atteints de PCP, 35 patients colonisés avec des infections à P. jirovecii diagnostiquées en même temps dans la zone géographique de Brest Une carte de transmission a été établie Son analyse a été combinée avec les résultats du typage P jirovecii. réussi dans 14 des 18 RTR, 15 des 22 patients contrôles, et 48 des 69 patients Type Eg était le type le plus fréquent dans les 3 groupes de patients Cependant, sa fréquence était significativement plus élevée dans le premier groupe de patients que dans les 2 autres groupes P & lt; 05 et P & lt; 01, respectivement Quatorze rencontres entre RTR ayant un type identique ont été observées Dix patients ont été considérés comme des patients indexés possibles, dont 3 ont été colonisés par le champignon, et 7 ont présenté des PCPConclusions Les résultats fournissent à notre connaissance les premières données sur le rôle des colonisés patients en tant que sources potentielles de P jirovecii dans un contexte d’acquisition nosocomiale du champignon

Pneumocystis jirovecii est un champignon opportuniste qui provoque une pneumonie sévère chez les patients immunodéprimés Pneumocystis pneumonia La PCP reste la maladie la plus fréquente du SIDA dans les pays développés chez les patients infectés par le VIH. En France, 32% des cas de SIDA enregistrés auprès de l’Institut de Veille Sanitaire en 2009, étaient liés à la PCP [1] La PCP est également observée chez les patients non infectés par le VIH qui reçoivent un traitement immunosuppresseur en particulier pour la transplantation d’organes [2] En l’absence de prophylaxie, le PCP survient dans 2% à 24% des cas. Ces données montrent que le PCP reste un problème de santé publique et nécessite des mesures pour le prévenir chez les personnes immunodéprimées. Actuellement, le PCP est considéré comme résultant d’une acquisition de novo du champignon. que de la réactivation des formes latentes de P jirovecii présentes dans les poumons [3-6] Parce que les organismes Pneumocystis infectant chaque espèce de mammifère s sont spécifiques à l’hôte [7], un réservoir animal pour P jirovecii est exclu et le PCP chez l’homme peut être considéré comme une anthroponose. Aucune forme exosprophytique d’espèce Pneumocystis n’a été identifiée jusqu’à présent, alors que P jirovecii semble être répandue au sein des communautés humaines. Les infections jirovecii couvrent un large spectre de présentations cliniques dont la PCP ne représente qu’une partie, et les infections bénignes telles que la colonisation pulmonaire peuvent être la partie principale [8] Les sources humaines potentielles de P jirovecii peuvent être représentées par tous les patients infectés. la transmission hôte de l’espèce Pneumocystis par voie aérienne a été démontrée dans les modèles [9, 10] et a été suspectée chez l’homme par la survenue de cas de PCP dans les hôpitaux [11-19] Études des cas de PCP parmi les RTR – en cours dont l’analyse des rencontres avec les patients a été associée à l’identification du génotype P jirovecii – appuyer l’hypothèse de l’acquisition nosocomiale et de la transmission patient-patient du champignon [12, 13, 15, 17-19] Cependant, le rôle potentiel des patients colonisés comme sources de P jirovecii n’a pas été étudié. Nous rapportons ici un groupe d’infections à Pneumocystis dans 18 RTR, survenus au CHU de Brest, Brest, France de mai 2008 à avril 2010 Aucun cas de PCP n’a été diagnostiqué parmi les RTR suivis dans notre établissement depuis 2002. Le PCP a été diagnostiqué chez 12 des 18 patients, et 6 patients ont été colonisés par P jirovecii Pour étudier l’acquisition et la transmission nosocomiales potentielles de P jirovecii au cours de ce cluster, nous avons identifié des types de P jirovecii basés sur l’analyse de 2 loci Les rencontres entre RTR ont été analysées, et une carte de transmission combinée avec les résultats de l’identification de type P jirovecii a été établie

Méthodes

Paramètres de l’hôpital

Le CHU de Brest est un établissement de santé de 2100 lits, situé à 2 km de l’hôpital Cavale Blanche et de l’hôpital Morvan. L’unité de transplantation rénale est implantée sur le premier site. situés au même étage dans le même bâtiment, les patients externes et hospitalisés peuvent se rencontrer

Patients et isolats de P jirovecii

Dix-huit RTR ont été impliqués dans le groupe L’âge médian des patients était de 62 ans, 44-77 ans; le rapport hommes-femmes était de 11: 7; la période posttransplantation médiane était de 395 mois, 13-183 mois Aucun des patients n’a été soumis à la prophylaxie PCP au moment des diagnostics d’infection à P. jirovecii Les diagnostics biologiques d’infection à P assister. jirovecii étaient basés sur la détection de P. jirovecii dans les échantillons de lavage broncho-alvéolaire. Le test de PCR a été réalisé après une procédure d’extraction d’ADN à l’aide du système NucliSens easyMag BioMérieux, avec une sonde spécifique et des amorces du gène codant pour l’ARN ribosomique de la grande sous-unité mitochondriale. ARNr, comme indiqué ailleurs [20] Le champignon a été détecté à la fois par microscopie et par PCR chez 7 patients ayant développé une PCP. Il a été détecté uniquement par PCR chez 5 autres patients avec PCP et 6 patients colonisés. l’absence de traitement spécifique pour P jirovecii, des diagnostics alternatifs de PCP étaient disponibles, et le champignon était détectée uniquement par le test PCR en raison de sa faible charge apparente Tableau 1

Patients atteints d’un groupe d’infections à Pneumocystis jirovecii et résultats de l’identification de type P jirovecii Code du patient Âge du sexe, y Période de posttransplantation, mo Régimes immunosuppresseurs Date de BAL Retrievala Présentation de PJirovecii Infection Alternative Diagnostic de PCP P jirovecii ITS Type de Clonesb P jirovecii DHPS Typeb P1 M 69 84 Sirolimus, prednisone 20/05/08 Colonie pulmonaire pneumonie bactérienne … … P2 M 72 140 Sirolimus 15/11/08 PCP Gg 5 Sauvage P3 M 67 50 Everolimus, ciclosporine, prednisone 27/01/09 PCP … … P4 M 45 23 Ciclosporine, MMF, prednisone 25/02/09 PCP Par exemple 5 sauvage P5 F 61 80 Tacrolimus, MMF, prednisone 25/02/09 PCP Par exemple 5 sauvage P6 M 77 26 Belatacept, MMF, prednisone 27/02 / 09 PCP Par exemple 5 sauvage P7 F 60 27 Sirolimus, MMF, prednisone 10/04/09 Pneumonie induite par un médicament de colonisation pulmonaire Par exemple 5 sauvage P8 F 63 29 Belatacept, MMF, prednisone 16/05/09 Colonisation pulmonaire virale pn eumonia … sauvage P9 M 54 15 Ciclosporine, MMF, prednisone 28/05/09 PCP Ex 5 sauvage P10 M 54 16 Ciclosporine, MMF, prednisone 28/05/09; 17/06 / 09c PCP Eg 2, d « N » par exemple 1, Eh 1, IVfg 1; Par exemple 5c Wild; Wildc P11 F 53 62 Ciclosporine, MMF, prednisone 03/06/09 PCP Ex 5 Wild P12 M 62 69 Tacrolimus, MMF, prednisone 16/06/09 PCP Exemple 3, d E « g1 » g 1 Wild P13 F 62 183 Ciclosporine , MMF, prednisone 06/07/09 Colonisation pulmonaire pneumonie bactérienne … Sauvage P14 M 48 69 Sirolimus, MMF, prednisone 08/07/09 Pneumonie induite par un médicament de colonisation pulmonaire Eg 4, d E « g2 » h 1 Sauvage P15 M 65 25 Ciclosporine , MMF, prednisone 14/07/09 Colonisation pulmonaire, pneumonie bactérienne Eg 4, d Lg 1 sauvage P16 F 66 13 Tacrolimus, MMF, prednisone 23/10/09 PCP Par ex. 5 P17 F 44 21 Tacrolimus, MMF, prednisone 01/03 / 10 PCP Par exemple 5 sauvage P18 M 77 71 Sirolimus, MMF, prednisone 11/03/10, 21/04 / 10c PCP Eg 4; Par exemple 5c Wild; Code du patient Wildc Âge du sexe, y Période post-transplantation, mo Régimes immunosuppresseurs Date de BAL Retrievala Présentation de P Jirovecii Infection Alternative Diagnostic du PCP P jirovecii ITS Type de Clonesb P jirovecii DHPS Typeb P1 M 69 84 Sirolimus, prednisone 20/05/08 Pulmonaire colonisation pneumonie bactérienne … … P2 M 72 140 Sirolimus 15/11/08 PCP Gg 5 Sauvage P3 M 67 50 Evérolimus, ciclosporine, prednisone 27/01/09 PCP … … P4 M 45 23 Ciclosporine, MMF, prednisone 25/02/09 PCP Par exemple 5 sauvage P5 F 61 80 Tacrolimus, MMF, prednisone 25/02/09 PCP Par exemple 5 sauvage P6 M 77 26 Belatacept, MMF, prednisone 27/02/09 PCP Par exemple 5 Wild P7 F 60 27 Sirolimus, MMF, prednisone 10 / 04/09 Pneumonie induite par un médicament de colonisation pulmonaire Eg 5 sauvage P8 F 63 29 Belatacept, MMF, prednisone 16/05/09 Colonisation pulmonaire pneumonie virale … P9 sauvage M 54 15 Ciclosporine, MMF, prednisone 28/05/09 PCP Par exemple 5 sauvage P10 M 54 16 Ciclosp orine, MMF, prednisone 28/05/09; 17/06 / 09c PCP Eg 2, d « N » par exemple 1, Eh 1, IVfg 1; Par exemple 5c Wild; Wildc P11 F 53 62 Ciclosporine, MMF, prednisone 03/06/09 PCP Ex 5 Wild P12 M 62 69 Tacrolimus, MMF, prednisone 16/06/09 PCP Exemple 3, d E « g1 » g 1 Wild P13 F 62 183 Ciclosporine , MMF, prednisone 06/07/09 Colonisation pulmonaire pneumonie bactérienne … Sauvage P14 M 48 69 Sirolimus, MMF, prednisone 08/07/09 Pneumonie induite par un médicament de colonisation pulmonaire Eg 4, d E « g2 » h 1 Sauvage P15 M 65 25 Ciclosporine , MMF, prednisone 14/07/09 Colonisation pulmonaire, pneumonie bactérienne Eg 4, d Lg 1 sauvage P16 F 66 13 Tacrolimus, MMF, prednisone 23/10/09 PCP Par ex. 5 P17 F 44 21 Tacrolimus, MMF, prednisone 01/03 / 10 PCP Par exemple 5 sauvage P18 M 77 71 Sirolimus, MMF, prednisone 11/03/10, 21/04 / 10c PCP Eg 4; Par exemple 5c Wild; Wildc Abréviations: BAL, lavage broncho-alvéolaire; DHPS, dihydroptéroate synthase; F, femme; ITS, espaceur transcrit interne; M, mâle; MMF, mycophénolate mofétil; PCP, Pneumocystis pneumoniaaDates sont donnés comme date / mois / annéebEllipses indiquent que le typage P jirovecii n’a pas donné de résultats positifs. Les patients P10 et P18 ont subi 2 procédures BAL consécutive, pour lesquelles les dates de récupération et d’identification de type P jirovecii sont séparées par un type semicolondMajor dans les infections mixtes. en raison d’un type> 1 chez les patients P10, P12, P14 et P15e « N » diffère de l’allèle N ITS1 rapporté ailleurs par Lee et al [21] par la présence d’un résidu G à la position 15fIV est un allèle ITS1 décrit ailleurs par Robberts et al [22] L’accès Genbank n ° AY328046g « g1 » diffère de l’allèle ITS2 rapporté ailleurs par Lee et al [21] par la présence d’un résidu G à la position 62h « g2 » diffère de l’allèle ITS2 rapporté ailleurs par Lee et al. al [21] par la présence de résidus G sur les positions 62 et 72Vue Deux autres patients hospitalisés à l’Hôpital du Morvan et avec l’infection de P jirovecii diagnostiquée au même moment ont également été inclus. rencontre avec RTR et représentait un groupe de contrôle Leur âge médian était de 58 ans, 3-79 ans, et leur ratio hommes-femmes était de 13: 9 diagnostics biologiques de P jirovecii infection ont été effectuées comme décrit ci-dessus Le champignon a été détecté par microscopie et PCR chez 10 patients ayant développé une PCP Elle a été détectée uniquement par PCR chez 8 autres patients avec PCP et 4 patients colonisés Tableau 2

pneumonie bactérienne Ec 5 Wild C10 M 72 Traitement immunosuppresseur 15/06/09; 22/06 / 09e PCP …; Ne 3e Wild, Wilde C11 F 42 Transplantation hépatique 29/06/09 PCP Ex 3 Wild C12 F 65 Cancer 21/07/09 PCP Bi 2, c Ai 1 Sauvage C13 M 75 Traitement immunosuppresseur 07/10/09 PCP Par exemple Wild 3 C14 M 60 Malignité hématologique 13/10/09; 27/11 / 09e PCP …; … e … Wilde C15 M 73 Traitement immunosuppresseur 16/10/09 PCP … … C16 M 57 Cancer 23/10/09 Colonisation pulmonaire aspergillose pulmonaire … … C17 M 26 Maladie hématologique 13/11/09; 01/12 / 09e PCP Par exemple: 5; Par exemple: 3e Wild; Wilde C18 M 59 Malignité hématologique 20/11/09 PCP Eg 3 Sauvage C19 M 61 Cancer 27/11/09 PCP Exemple 1, E « b » f 1 Sauvage C20 F 46 Cancer 14/12/09 PCP Eg 3, c Jf 2 sauvage C21 F 41 Malignité hématologique 02/02/10 PCP Exemple 1, Ng 1, IVdg 1, « E » gg 1, E « g3 » h 1 sauvage C22 M 57 Malignité hématologique 10/02/10 PCP Ai 2, Di 2 Code du patient sauvage Sexe Age, y Conditions sous-jacentes Date de BAL Retrievala Présentation de P Jirovecii Infection Alternative Diagnostic de PCP P jirovecii ITS Type de Clonesb P jirovecii DHPS Typeb C1 M 62 Cancer 23/10/07 Colonisation pulmonaire Carcinome bronchique … Wild C2 F 41 Malignité hématologique 20/11/07 PCP Exemple 4, c IVd g 1 Wild C3 F 3 Immunodéficience congénitale 21/12/07 PCP … … C4 M 71 Malignité hématologique 05/02/08 PCP … Sauvage C5 F 74 Maladie hématologique 07 / 02/08 PCP Gg 3 Sauvage C6 M 79 Cancer 20/02/08 Pneumonie pulmonaire bactérienne Ec 3 Wild C 7 F 56 Malignité hématologique 14/05/08 PCP Eg 3 Sauvage C8 M 57 Malignité hématologique 18/07/08 PCP … … C9 F 38 Malignité hématologique 14/10/08 Colonisation pulmonaire pneumonie bactérienne Ec 5 Wild C10 M 72 Traitement immunosuppresseur 15 / 06/09; 22/06 / 09e PCP …; Ne 3e Wild, Wilde C11 F 42 Transplantation hépatique 29/06/09 PCP Ex 3 Wild C12 F 65 Cancer 21/07/09 PCP Bi 2, c Ai 1 Sauvage C13 M 75 Traitement immunosuppresseur 07/10/09 PCP Par exemple Wild 3 C14 M 60 Malignité hématologique 13/10/09; 27/11 / 09e PCP …; … e … Wilde C15 M 73 Traitement immunosuppresseur 16/10/09 PCP … … C16 M 57 Cancer 23/10/09 Colonisation pulmonaire aspergillose pulmonaire … … C17 M 26 Maladie hématologique 13/11/09; 01/12 / 09e PCP Par exemple: 5; Par exemple: 3e Wild; Wilde C18 M 59 Malignité hématologique 20/11/09 PCP Eg 3 Sauvage C19 M 61 Cancer 27/11/09 PCP Exemple 1, E « b » f 1 Sauvage C20 F 46 Cancer 14/12/09 PCP Eg 3, c Jf 2 sauvage C21 F 41 Malignité hématologique 02/02/10 PCP Exemple 1, Ng 1, IVdg 1, « E » gg 1, E « g3 » h 1 sauvage C22 M 57 Malignité hématologique 10/02/10 PCP Ai 2, Di 2 Abréviations sauvages: BAL, lavage broncho-alvéolaire; DHPS, dihydroptéroate synthase; F, femme; ITS, espaceur transcrit interne; M, mâle; PCP, Pneumocystis pneumoniaaDates sont donnés en date / mois / annéebEllipses indiquent que le typage P jirovecii a échoué à donner des résultats positifscMajor de type dans les infections mixtes dues au type> 1 chez les patients témoins C2, C12, et C20dIV est un allèle ITS1 décrit ailleurs par Robberts et al [22] Accès GenBank Non AY328046ePatients C10, C14 et C17 ont subi deux procédures BAL consécutives, pour lesquelles les dates de récupération et d’identification de type P jirovecii sont séparées par un semicolonf « b » diffère de l’allèle ITS2 rapporté ailleurs par Lee et al [ 21] par la présence d’un résidu A à la position 72g « E » diffère de l’allèle E ITS1 rapporté ailleurs par Lee et al [21] par délétion nucléotidique à la position 117h « g3 » diffère de l’allèle ITS2 rapporté ailleurs par Lee et al. 21] par la présence de résidus T à la position 173View LargeLa fréquence d’apparition des différents génotypes de P jirovecii dans la zone géographique de Brest a été déterminée par l’analyse des isolats de P jirovecii chez 69 patients avec les infections à P. jirovecii diagnostiquées en même temps dans notre laboratoire du 3 octobre 2007 au 10 février 2010 L’âge médian de ces patients était de 63 ans, 3-87 ans; le rapport homme-femme, 43:26 Facteurs de risque d’infection à P. jirovecii inclus hémopathies malignes 24 patients, cancers 14 patients, traitement immunosuppresseur 13 patients, maladies bronchopulmonaires chroniques 7 patients, infection par le VIH 4 patients, malnutrition 2 patients et transplantation hépatique, cœur transplantation, immunodéficience congénitale, alcoolisme et grossesse 1 patient chacun Trente-quatre patients ont développé la PCP, tandis que 35 patients ont été colonisés par le champignon Diagnostics alternatifs de PCP chez ces 35 patients pneumonie bactérienne 20 patients, carcinome bronchique 5 patients, aspergillose pulmonaire 2 patients pneumonie induite par le médicament 2 patients et sarcoïdose, tuberculose, exacerbation de la bronchite chronique, syndrome d’Eisenmenger, œdème pulmonaire et fibrose pulmonaire 1 patient chacun Diagnostic biologique de l’infection à P. jirovecii comme décrit ci-dessus Le champignon a été détecté à la fois par microscopie et par PCR chez 17 patients qui ont développé PCP Il a été détecté seulement b y PCR chez 17 autres patients avec PCP et 35 patients colonisés Cette population de patients est désignée comme le troisième groupe de patients dans les sections suivantes. Des échantillons d’ADN des échantillons de BAL de tous les patients ont été stockés à -80 ° C jusqu’à la dactylographie

P jirovecii Typing

Le locus DHPS de P jirovecii dihydropteroate synthase a été examiné en utilisant un polymorphisme de longueur de fragment de restriction PCR. Premièrement, le locus DHPS a été amplifié en utilisant un test de PCR nichée utilisant des paires d’amorces F1 [23] et B45 [24] et Ahum [24] et BN [23, 24] second cycle Les conditions de réactif et d’amplification des 2 cycles de PCR ont été décrites ailleurs [23] Deuxièmement, le test RFLP a été réalisé en utilisant des enzymes de restriction AccI et HaeIII New England Biolabs qui ont permis la détection de mutations aux positions de nucléotides 165 et 171 respectivement, comme décrit ailleurs [25] Pour amplifier les séquences ITS 1 et 2 d’espaceur transcrit interne, un test de PCR nichée a été réalisé avec 2 paires d’amorces spécifiques pour P jirovecii, N18SF et N26SRX premier tour et ITSF3 et ITS2R3 deuxième tour [4, 26] Les 2 tours ont été réalisés dans des conditions de réactif et d’amplification décrites ailleurs [26, 27] mais avec les modifications suivantes Le deuxième tour de PCR a été fait avec denatur 15 minutes à 94 ° C, recuit à 55 ° C pendant 15 minutes et extension à 72 ° C pendant 5 minutes pendant 35 cycles. Les produits PCR du second tour ont été purifiés sur des colonnes PCR Microcon, Millipore et clones dans le plasmide pGEMT pGEMT kit Vector System II facile; Promega [27] Les plasmides recombinants ont été séquencés à partir des 2 brins en utilisant des amorces universelles T7P et SP6 sur un séquenceur automatique BigDyeTerminator Method, Applied Biosystems Sequencer 3700, Applied Biosystems Sequence alignement a été réalisé avec le logiciel BioEdit, version 700, en utilisant le programme Clustal W ITS1 et Les allèles ITS2 ont été identifiés à l’aide du score décrit par Lee et al. [21] Les types ITS de type jirovecii sont définis par une combinaison des allèles des 2 locus.

Carte de transmission

Nous avons supposé que la transmission se faisait par voie aérienne. Les dates des visites ambulatoires et de l’hospitalisation des patients ont été extraites de la base de données du Laboratoire et des Systèmes d’Information Médicale Hexaflux Galaxie II [530] et Susie V4 Tous les patients infectés ont été considérés comme des patients indexés possibles Un patient index potentiel a été défini comme un patient pour lequel un diagnostic d’infection à Pneumocystis a été confirmé par un résultat positif de détection de P jirovecii dans un échantillon de BAL et qui, évolution d’une infection à P. jirovecii ≥1 rencontre avec un patient potentiellement prédisposé Un patient réceptif a été défini comme un patient qui a eu ≥1 contact avec un patient index et qui a développé plus tard une infection à P. jirovecii, révélée par un résultat positif de détection de P jirovecii chez Spécimen de BAL Nous avons considéré que les rencontres et les conditions de transmission étaient combinées si patients et patients sensibles ont visité la clinique externe ou le service d’hospitalisation le même jour et hébergeaient des types identiques de P jirovecii

Analyses statistiques

Les fréquences de type P jirovecii ITS dans les RTR, le groupe témoin et le troisième groupe ont été comparés en utilisant le test exact de Fisher et le test χ2 avec la correction de Yates. Les différences ont été considérées comme significatives à P & lt; 05

RÉSULTATS

P jirovecii Typing

Des résultats positifs d’identification de type DHP de P jirovecii ont été obtenus dans 16 des 18 RTRs Tableaux 1 et 3, chez 18 des 22 patients du groupe témoin Tableaux 2 et 3 et chez 52 des 69 patients du troisième groupe Tableau 3 A le type sauvage a été identifié dans tous les 16 RTR, chez les 18 patients du groupe témoin, et chez 50 des 52 patients 962% dans le troisième groupe Les types mutants ont été identifiés chez les 2 patients restants Ainsi, il y avait des caractéristiques identiques de P jirovecii DHPS génotypes dans les RTR et dans le groupe de contrôle des patients

al Patients transplantés n = 18 Patients témoins n = 22 Autres patients Population n = 69 PCP, nombre de patients; colonisation, Nombre de patients 12; 6 18; 4 34; 35 Âge, intervalle médian, années 62 44-77 58 3-79 63 3-87 Sex-ratio, homme-femme 11: 7 13: 9 43:26 Période de récupération du BAL 20 mai 2008 au 21 avril 2010 23 octobre 2007 à 10 Février 2010 3 octobre 2007 au 10 février 2010 Patients, Non Résultats positifs du typage DHPS 16 18 52 Infectés avec des types mutants 0 0 2 Infectés avec des types sauvages 16 18 50 Résultats positifs du typage ITS 14 15 48 Types ITS, total Non 8 13 31 Infections mixtes, Non 4 6 17 Type ITS principal Par ex. Eg Patient infecté par type ITS principal, Non% 13 928% a, b 9 60% a 23 479% b Caractéristiques Patients transplantés rénaux n = 18 Patients témoins n = 22 Autres patients Population n = 69 PCP, nombre de patients; colonisation, Nombre de patients 12; 6 18; 4 34; 35 Âge, intervalle médian, années 62 44-77 58 3-79 63 3-87 Sex-ratio, homme-femme 11: 7 13: 9 43:26 Période de récupération du BAL 20 mai 2008 au 21 avril 2010 23 octobre 2007 à 10 Février 2010 3 octobre 2007 au 10 février 2010 Patients, Non Résultats positifs du typage DHPS 16 18 52 Infectés avec des types mutants 0 0 2 Infectés avec des types sauvages 16 18 50 Résultats positifs du typage ITS 14 15 48 Types ITS, total Non 8 13 31 Infections mixtes, Non 4 6 17 Type ITS principal Par ex. Eg Patients infectés avec le type principal de STI, Non% 13 928% a, b 9 60% a 23 479% b Abréviations: BAL, lavage broncho-alvéolaire; DHPS, dihydroptéroate synthase; ITS, espaceur transcrit interne; PCP, Pneumocystis pneumoniaa13 / 14 versus 9/15 Test exact de Fisher, P ≤ 05b13 / 14 versus 23/48 test2 test, correction de Yates, P ≤ 01View Large Les résultats positifs de l’identification de type P jirovecii ITS ont été obtenus dans 14 des 18 RTR dont 11 PCP développés et 3 ont été colonisés par le champignon Huit types ITS-Eg, Eh, Gg, IVg, Lg, « N » g, E « g1 », E « g2 » – ont été identifiés Type Eg, Eh, Gg, et Lg résultat de la combinaison des allèles ITS1 et ITS2 décrits ailleurs par Lee et al [21] Résultats de type IVg de la combinaison de ITS1 allèle IV décrite par Robberts et al [22] avec ITS2 allèle g Le type « N » g résulte de la combinaison de ITS2 allèle avec un nouvel allèle ITS1 que nous avons désigné comme « N » Type E « g1 » résulte de la combinaison de I allèle ETS1 avec un nouvel allèle ITS2 que nous avons désigné comme « g1 » Type E « g2 » résulte de la combinaison de ITS1 allèle E avec un nouvel allèle ITS2 que nous avons désigné comme données de séquence « g2 » de nouveaux allèles ITS1 et 2 sont décrits dans Tableau 1 Plus de 1 type a été détecté chez 4 des 14 patients 286%, suggérant des infections mixtes de type Eg, qui a été détectée chez 13 des 14 patients 928%, était le type le plus fréquent dans RTRs Les résultats positifs de l’identification de type P jirovecii étaient obtenu chez 15 des 22 patients contrôles, dont 13 développés PCP et 2 ont été colonisés par le champignon Treize types ITS-Eg, Gg, IVg, Ec, Ne, Ai, Bi, Jf, Di, Ng, « E » g, E « b », E « g3 » – ont été identifiés Type Eg, Gg, IVg, Ec, Ne, Ai, Bi, Jf, Di, Ng résultat de la combinaison des allèles ITS1 et ITS2 décrits ailleurs par Lee et al [21] et Robberts et al [22] Le type « E » g résulte de la combinaison de l’allèle g ITS2 avec un nouvel allèle ITS1 que nous avons désigné comme « E ». Le type E « b » résulte de la combinaison de l’allèle ITS1 E avec un nouvel allèle ITS2 que nous avons désigné comme « b » de type E « g3 » résulte de la combinaison de l’allèle ETS1 E et d’un nouvel allèle ITS2 désigné « g3 » des données de séquence de nouveaux allèles ITS1 et 2 sont des dans le tableau 2 Plus de 1 type a été détecté chez 6 des 15 patients 40%, suggérant que les infections mixtes de type Eg, détectées chez 9 des 15 patients 60%, étaient le type le plus fréquent de Pjirovecii. obtenu chez 48 des 69 patients du troisième groupe Vingt-six patients ont développé PCP, et 22 ont été colonisés par le champignon Trente et un types d’ITS ont été identifiés Types Ai, Bi, Di, Eb, Ec, Ed, Ef, Eg, Eh , Ei, Em, Gg, Hf, Hg, Ig, Ir, Jf, Kf, Ne, Ng, Nh, et IVg résultent de la combinaison des allèles ITS1 et ITS2 décrite ailleurs par Lee et al [21], Robberts et al [ 22], et Siripattanapipong et al [28] Neuf types d’ITS résultent de la combinaison d’un nouvel allèle ITS1 avec un allèle ITS2 précédemment décrit, ou d’un allèle ITS1 précédemment décrit avec une nouvelle liste complète d’allèles ITS2 non montrés; données de séquence disponibles sur demande Plus de 1 type a été détecté chez 17 des 48 patients 354%, suggérant des infections mixtes type Eg, qui a été détecté chez 23 des 48 patients 479%, était le type le plus fréquent Types Ir, Ec, et Ai ont été identifiés chez 5 patients chacun Autres types ont été détectés chez 1, 2 ou 3 patients chacunFréquences d’infection mixte dans les 3 groupes de patients ne diffèrent pas 4 des 14 RTR vs 6 des 15 patients contrôles [P = 4]; 4 sur 14 RTR vs 17 des 48 patients du troisième groupe [P = 44] Inversement, la fréquence de type Eg est plus élevée dans les RTR que dans le groupe témoin 13 de 14 vs 9 sur 15; P = 049 ou dans le troisième groupe 13 sur 14 contre 23 sur 48; P = 007 Tableau 3

Carte de transmission

En tenant compte des définitions ci-dessus des patients indexés et prédisposés, un total de 25 rencontres impliquant 16 patients ont été initialement observées. Figure 1 L’analyse des rencontres combinée aux résultats de typage permet d’exclure 11 des 25 rencontres comme cause de P La transmission de jirovecii Quatre rencontres impliquaient des malades chez qui les types ITS de P jirovecii ne correspondaient pas En effet, P2 était infectée avec le type Gg, alors que les patients potentiellement sensibles P4, P5, P6 et P12 étaient infectés avec le type Le typage des TES n’a pas donné de résultats positifs pour au moins 1 patient Enfin, 14 patients ont développé des infections à Pneumocystis dues à des types PJirovecii ITS et DHPS identiques Figure 1, flèches Dix patients ont été considérés comme patients patients P4, P5, P6, P7, P9, P10, P12, P14, P15 et P16, 7 ont été considérés comme des patients sensibles patients P7, P9, P11, P14, P15, P16 et P18 Patients P7, P9, P14, P1 5 et P16 ont été considérés comme des patients index ou des patients sensibles Trois des patients index ont été colonisés par les patients P jirovecii P7, P14 et P15, alors que 7 patients PCP présentés P4, P5, P6, P9, P10, P12 et P16

Figure 1View largeTélécharger slideCluster de cas d’infection Pneumocystis chez les transplantés rénaux, montré comme carte de transmission de Pneumocystis jirovecii entre les patients atteints de pneumonie à Pneumocystis PCP ou les patients colonisés par le champignon L’axe des y présente les codes des patients; lignes axiales et horizontales, histoires de patients; cercles blancs, visites ambulatoires dans l’unité de transplantation; cercles noirs, visites ambulatoires dans d’autres unités; rectangles blancs, périodes d’hospitalisation dans l’unité de transplantation; rectangles noirs, périodes d’hospitalisation dans d’autres unités; et barres verticales, dates d’apparition de l’infection à P jirovecii Les patients P10 et P18 ont subi deux lavages broncho-alvéolaires consécutifs, pour lesquels l’identification du type P jirovecii est séparée par un point-virgule. dénotent les 14 rencontres compatibles avec la transmission Pneumocystis Les flèches entre les patients P4 et P11, P5 et P11 i, P4 et P15, P5 et P15, P6 et P15 ii, et P9 et P14, P10, et P14 iii sont superposées et indiquent plusieurs Dix patients ont été considérés comme des patients index en gras, parmi lesquels 7 patients P4, P5, P6, P9, P10, P12 et P16 présentant une PCP et 3 patients P7, P14 et P15 ont été colonisés par P jirovecii. Les cas d’infection à Pneumocystis chez les receveurs d’une greffe rénale, présentés sous forme de carte de transmission de Pneumocystis jirovecii entre patients atteints de pneumonie à Pneumocystis pneumoniae ou de patients colonisés par le champignon L’axe des y présente des codes de patient; lignes axiales et horizontales, histoires de patients; cercles blancs, visites ambulatoires dans l’unité de transplantation; cercles noirs, visites ambulatoires dans d’autres unités; rectangles blancs, périodes d’hospitalisation dans l’unité de transplantation; rectangles noirs, périodes d’hospitalisation dans d’autres unités; et barres verticales, dates d’apparition de l’infection par P jirovecii Les patients P10 et P18 ont subi deux lavages broncho-alvéolaires consécutifs, pour lesquels l’identification du type P jirovecii est séparée par un point-virgule. dénotent les 14 rencontres compatibles avec la transmission Pneumocystis Les flèches entre les patients P4 et P11, P5 et P11 i, P4 et P15, P5 et P15, P6 et P15 ii, et P9 et P14, P10, et P14 iii sont superposées et indiquent plusieurs Dix patients ont été considérés comme des patients index en gras, parmi lesquels 7 patients P4, P5, P6, P9, P10, P12 et P16 présentant un PCP et 3 patients P7, P14 et P15 ont été colonisés par P jirovecii.

DISCUSSION

e à l’utilisation récente du test de PCR, qui est plus sensible que les techniques microscopiques pour la détection de P jirovecii En effet, nous avons commencé à utiliser le test PCR pour la détection de routine de P jirovecii dans notre laboratoire en octobre 2007; Néanmoins, nous n’avons diagnostiqué aucun cas d’infection à Pneumocystis dans les RTR en utilisant à la fois la PCR et les techniques microscopiques à partir d’octobre 2007, lorsque l’utilisation du PCR a été initiée, jusqu’en mai 2008 De même, nous avons détecté P jirovecii chez 7 patients en utilisant des techniques microscopiques conventionnelles qui n’ont pas changé depuis 2002 De même, les schémas chimioprophylactiques immunosuppresseurs et PCP n’ont pas changé récemment Aucun patient n’a été soumis à la chimioprophylaxie lorsque des infections à P. jirovecii ont eu lieu. la période post-transplantation pour tous les patients était> 13 mois, alors que la durée de la prophylaxie recommandée est limitée à 4 ou 6 mois après transplantation [29, 30] Pour toutes ces raisons, nous croyions être confrontés à une véritable épidémie, révélée par la grappe au cours de laquelle la transmission patient-patient du champignon peut avoir eu lieu. Les loci HPS ou ITS n’ont pas donné de résultats positifs chez 23 patients, bien qu’ils aient été testés positifs avec le test PCR sur le gène mtLSUrRNA Ces différences de sensibilité dans les tests PCR sont dues à la présence du gène mtLSUrRNA dans plusieurs copies du génome P jirovecii [ 31], contrairement aux locus DHPS et ITS [32, 33] L’analyse du locus DHPS était peu informative car aucun RTR n’était infecté par un locus ITS mutant car il était considéré plus informatif que le gène mtLSUrRNA [34, 35] Type Eg, Le type le plus fréquent chez les patients résidant dans notre région géographique est également le type le plus fréquemment identifié dans le monde [21, 22, 26, 35-37]. Cependant, sa fréquence plus élevée dans les RTR impliqués dans le groupe représente une caractéristique spécifique de P Les organismes jirovecii infectant ce groupe La fréquence plus élevée peut s’expliquer par le fait que l’acquisition de champignons dans ce groupe provient de sources communes Choukri et ses collègues ont récemment fourni des arguments contre l’environnement Ils n’ont pas détecté P jirovecii dans les échantillons d’air prélevés à l’hôpital loin des patients admettant des patients atteints de PCP ou dans la cour de l’hôpital Inversement, ils ont détecté P jirovecii dans l’air entourant les patients atteints de PCP. avec la distance des patients, suggérant la propagation aéroportée du champignon dans l’environnement des patients [31] Plusieurs rencontres n’ont pas été prises en compte dans l’élaboration de la carte de transmission, car on ne sait pas si les patients peuvent transmettre le champignon pendant l’incubation de P jirovecii. Suivant nos critères restrictifs de définition du patient et de conditions de transmission, nous avons finalement considéré 14 rencontres impliquant 12 patients Sept patients ayant rencontré un patient indexé avéré et qui plus tard l’infection à P. jirovecii développée, quelle que soit la période postencounter, ont tous été considérés comme sensibles La période d’incubation chez les 7 patients sensibles représentait théoriquement la durée d’incubation, qui variait de 1 à 45 mois. Trois patients colonisés étaient considérés comme des patients indexés. La transmission possible de P jirovecii de patients colonisés à des patients sensibles développant ultérieurement une PCP ou une colonisation pulmonaire. provoquée par des infections expérimentales à Pneumocystite murine P murina peut être transmise par des souris présentant un déficit immunitaire sévère combiné SCID avec des souris PCP induites par des corticostéroïdes à des souris Balb / c qui ne développent pas de PCP mais qui sont colonisées transitoirement. Souris SCID sensibles [10] Nous avons supposé que la transmission directe de P jirovecii des patients index aux patients réceptifs s’est produite. La circulation hypothétique de P jirovecii par des professionnels de la santé en contact avec des patients infectés, comme discuté par Miller et collègues [38], n’a pas été étudiée. cette étude rétrospective Tableau 4 Ce risque apparemment plus élevé d’éclosion d’infection à P. jirovecii peut être lié au nombre élevé de RTR dans le monde, à leur statut d’immunosuppression et à leur observance du suivi régulier en milieu hospitalier, combiné avec Nous supposons que les causes de notre groupe PCP étaient l’absence de prophylaxie de la PCP et des mesures pour empêcher l’acquisition de P jirovecii à l’hôpital combinée avec l’apparition de PCP pendant la période post-transplantation tardive. de cet événement – observé par de nombreuses équipes et les nôtres – n’ont pas fait l’objet de la présente étude et sont encore sujets à débat [16, 39]

Tableau 4 Principales grappes de pneumonie à Pneumocystis dans les hôpitaux rapportés au cours des 5 dernières décennies Source Année de publication Patients, sans conditions sous-jacentes Méthode de génotypage Ruskin et al 1968a 2 Maladies du tissu conjonctif NP Brazinski et al 1969a 2 Maladies hématologiques NP Perera et al 1970a 19 Cancers NP Yates et al 1975a 2 Malignités hématologiques NP Singer et al 1975a 11 Malignités hématologiques NP Ruebush et al 1978a 10 Cancers NP Goesch et al 1990a 2 Malignités hématologiques NP Bensousan et al 1990a 10 Transplantation rénale NP Chave et al 1991a 5 Transplantation rénale NP Jacobs et al 1991a 5 Hospitalisation à l’USI NP Glotz et al 1992a 8 Transplantation rénale NP Cheung et al 1994a 3 Cancers NP Hennequin et al 1995a 7 Transplantation rénale NP Helweg-Larsen et al 1998a, b 8; 6 malignités hématologiques; Analyse du SIDA des loci ITS1 et ITS2 12 patientsc Olsson et al 2001a, b 10 3 7; 7 transplantation rénale; malignités hématologiques Analyse du locus mtLSUrRNA 17 patientsc Rabodonirina et al 2004b, d [17] 10; 39 transplantation rénale; SSCP du SIDA à 4 loci 9 patientsc; 30 patientsc Höcker et al 2005d [18] 4 Transplantation rénale en pédiatrie SSCP chez 4 loci 4 patientsc de Boer et al 2007d [19] 22 Transplantation rénale Analyse des loci ITS1 et ITS2 16 patientsc Schmoldt et al 2008d [12] 16 Transplantation rénale MLST à 4 loci 14 patientsc Arichi et al 2009 [14] 9 Transplantation rénale NP Yazaki et al 2009d [13] 27 Transplantation rénale Analyse des loci ITS1 et ITS2 6 patientsc Gianella et al 2010d [15] 19 Transplantation rénale MLST à 4 loci 7 patientsc Struijk et al 2011 [16] 9 Transplantation rénale NP Source Année de publication Patients, Pas de conditions sous-jacentes de patients Méthode de génotypage Ruskin et al 1968a 2 Maladies du tissu conjonctif NP Brazinski et al 1969a 2 Maladies hématologiques NP Perera et al 1970a 19 Cancers NP Yates et al 1975a 2 Maladies hématologiques NP Singer et al 1975a 11 Maladies hématologiques NP Ruebush et al. 1978a 10 Cancers NP Goesch et al 1990a 2 Hématol Maladies ogicales NP Bensousan et al 1990a 10 Transplantation rénale NP Chave et al 1991a 5 Transplantation rénale NP Jacobs et al 1991a 5 Hospitalisation en USI NP Glotz et al 1992a 8 Transplantation rénale NP Cheung et al 1994a 3 Cancers NP Hennequin et al 1995a 7 Transplantation rénale NP Helweg-Larsen et al 1998a, b 8; 6 malignités hématologiques; Analyse du SIDA des loci ITS1 et ITS2 12 patientsc Olsson et al 2001a, b 10 3 7; 7 transplantation rénale; malignités hématologiques Analyse du locus mtLSUrRNA 17 patientsc Rabodonirina et al 2004b, d [17] 10; 39 transplantation rénale; SSCP du SIDA à 4 loci 9 patientsc; 30 patientsc Höcker et al 2005d [18] 4 Transplantation rénale en pédiatrie SSCP chez 4 loci 4 patientsc de Boer et al 2007d [19] 22 Transplantation rénale Analyse des loci ITS1 et ITS2 16 patientsc Schmoldt et al 2008d [12] 16 Transplantation rénale MLST à 4 loci 14 patientsc Arichi et al 2009 [14] 9 Transplantation rénale NP Yazaki et al 2009d [13] 27 Transplantation rénale Analyse des loci ITS1 et ITS2 6 patientsc Gianella et al 2010d [15] 19 Transplantation rénale MLST à 4 loci 7 patientsc Struijk et al 2011 [16] 9 Transplantation rénale NP Abréviations: USI, unité de soins intensifs; ITS, espaceurs transcrits internes; MLST, typage de séquence multilocus; mtLSUrRNA, ARNr de grande sous-unité mitochondriale; NP, non effectué; SSCP, polymorphisme de conformation monobrin; aRéexaminé dans la référence [11] bInvestigation de 2 ou 3 clusterscNo de patients avec des résultats positifs de P jirovecii typingdLes résultats de ces études sont compatibles avec l’acquisition nosocomiale de P jirovecii par transmission interhumaineVoir LargeBe that that may, the l’extension de la chimioprophylaxie au-delà des 4 ou 6 mois recommandés par les recommandations doit être discutée [29, 30] Cependant, les mesures de prévention des infections à P. jirovecii basées uniquement sur la chimiothérapie ne suffisent pas pour prévenir les épidémies. dans les modèles animaux, il semble actuellement suffisant de justifier une politique d’isolement [40]. Cette politique devrait être étendue aux patients chez lesquels une colonisation pulmonaire avec P jirovecii est diagnostiquée.

Remarques

Remerciements

Les auteurs souhaitent remercier Dr M Perrot, et P Lecordier, C Carrou et D Roué pour leurs contributions

Aide financière

Cette étude a été financée par la subvention EST / 2006/1/41 de l’Agence Française de Sécurité Sanitaire de l’Environnement et du Travail.

Conflits d’intérêts potentiels

Tous les auteurs: Aucun conflit signalé Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués

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